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在留資格の申請には「管轄」と言われるどこの入管の官署に申請を出すべきかの決まりがあります。基本的には申請者の住所が基準になると考えていただけばよいでしょう。ただし認定証明書交付申請の場合、まだ住所となる場所がありませんので就労系の在留資格の場合、会社の本拠地が基準になります。
ビザの在外公館についても管轄自体は存在しますが、在留資格のようにどこで申請『しなければならない』ではなく、『今どこどこにいるからこの地で申請するならここだな』くらいのものだと考えていただけばよいでしょう。これは旅行先で次のビザを申請する場合などを考えるとわかりやすいと思います。
ここではそんな在留資格の申請の入国管理局やビザの申請の在外公館の管轄についての情報をまとめています。なお、台湾については「国」とは認められていないため、在外公館ではありません。